Los cerros de Alcalá constituyen una parte de un corredor abrupto que flanquea por el sur al río Henares desde el alto Henares, en la provincia de Guadalajara, hasta cerca de la desembocadura del río en el Jarama. En este último tramo los cerros que ponen en contacto La Alcarria con La Campiña son apenas perceptibles.
Geomorfológicamente, el Ecce-Homo y el Viso se consideran cerros testigo. Están formados por estratos horizontales. Los estratos superiores están constituidos por rocas calizas del período Mioceno superior, más duras y de un color más claro que las areniscas que forman los estratos inferiores. El río fue excavando terrazas fluviales a lo largo de los periodos glaciares e interglaciares del Cuaternario.
En los Cerros se han encontrado fósiles del Terciario, entre ellos algunos caparazones de tortugas gigantes.
Los Cerros presentan seis hábitats bien diferenciados: baldío, coscojar, encinar, monte y ladera, ribera, y vaguadas y cortados. Siendo el Barranco de la Zarza su eje central, en dirección de este hacia oeste.
Aunque sufre una gran deforestación, se ha repoblado con una masa arbolada compuesta por Pinus halepensis, Pinus pinea, Quercus ilex, Quercus coccifera y Amygdalus communis. La mayor parte de su terreno está cubierto de arbustos y hierbas compuestas por retamales, tomillares, espartales, jazmines, aulagas, jarillas y abrótanos hembra. Lo habitan el conejo y la perdiz común, y dominan sus cielos las águilas,etc.
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